Začepljenost i curenje nosa, kihanje te kašalj predstavljaju tegobe zajedničke i za prehladu i za alergiju, zbog čega ih u početku može biti teško razlikovati. Dok je prehlada posljedica virusnih infekcija gornjeg respiratornog trakta, alergijske reakcije nastaju kada imunološki sistem reaguje na vanjske faktore poput polena trava, korova ili drveća.
Ključni pokazatelji koji ukazuju na alergijsku reakciju jesu izražen svrbež i suzenje očiju, oticanje kapaka, podočnjaci, kao i osjećaj svrbeža u grlu. S druge strane, prehlada se znatno češće manifestuje grloboljom, općom malaksalošću, bolovima u mišićima i povišenom tjelesnom temperaturom, koja se kod alergija praktično ne javlja. Iako se umor može osjetiti u oba slučaja, bolovi u tijelu jasno naginju prema virusnoj infekciji.
Vrijeme javljanja i dužina trajanja smetnji također pružaju važne smjernice. Alergije obično prate sezonski ritam i ponavljaju se u određenim periodima godine, posebno nakon boravka na otvorenom prostoru s visokom koncentracijom polena, a mogu trajati sedmicama ili onoliko dugo koliko traje izloženost alergenu. Za razliku od njih, prehlada se može razviti u bilo kojem godišnjem dobu, lakše se prenosi u kolektivima i zatvorenim prostorima te se uglavnom povlači unutar nekoliko dana do dvije sedmice, mada kašalj može potrajati i duže.