Mitropolit Joanikije izjavio je u televizijskom istupu da je nekadašnji predsjednik Crne Gore Milo Đukanović predlagao odvajanje crkve u Crnoj Gori od Beograda uz obećanje ispunjavanja svih potreba. Joanikije je naglasio kako je lično prisustvovao tom razgovoru, ističući da su tvrdnje koje njega i pokojnog mitropolita Amfilohija optužuju za separatizam unutar Srpske pravoslavne crkve potpuno neosnovane, budući da su veze s Patrijaršijom ostale neraskidive.
Osvrćući se na masovne litije organizovane nakon što je krajem 2019. godine usvojen Zakon o slobodi vjeroispovijesti, mitropolit je podcrtao da one nisu predstavljale politički projekat. Prema njegovim riječima, bio je to autentični narodni i duhovni bunt koji je nastao unutar Crne Gore kao direktan odgovor na sporni zakon, a ne pod utjecajem ili organizacijom Beograda, Brisela ili Moskve.
Također je odbacio navode da je Aleksandar Vučić imao ključnu ulogu u vođenju litija ili navodnom sprečavanju podjela u SPC-u, nazvavši takve izjave manipulativnim i poredeći takav politički narativ s onim koji je koristio Đukanović. Iako je naveo da nije podržavao Vučićevu vlast, Joanikije je kao pozitivan čin izdvojio njegovo priznavanje izbornog poraza i upućivanje čestitke pobjednicima nakon izbora održanih 25. oktobra.
