U dijelu domaće i regionalne javnosti nedavno su se pojavili navodi kako je gradnja crkve u Mostaru zaustavljena na intervenciju Islamske zajednice, pri čemu su pojedini izvještaji sugerisali i navodno rušenje objekta. Međutim, uvid u historijat ovog slučaja pokazuje da su radovi na ovoj lokaciji prvobitno obustavljeni još prije 25 godina zbog neriješenih imovinsko-pravnih odnosa.
Korijeni ovog spora sežu 31 godinu unazad i vezani su za zemljište mostarske jevrejske porodice Atijas. Općinsko vijeće tadašnje mostarske općine pod kontrolom HDZ-a BiH, na čijem je čelu bio Mijo Brajković, donijelo je 10. jula 1995. godine rješenje kojim je, pozivajući se na propise HR Herceg-Bosne, neizgrađeno zemljište oduzeto od dotadašnjih korisnika bez ikakve naknade te dodijeljeno za izgradnju vjerskog objekta.
Članovi porodice Atijas su 1999. godine pokrenuli sudski spor koji traje i danas, ističući ne samo nezakonito oduzimanje posjeda već i diskriminaciju na nacionalnoj osnovi, navodeći podatak da je srpskoj porodici Živković isplaćeno 1,2 miliona KM za parcelu na kojoj se nalaze temelji konkatedrale. U slučaj se 2000. godine uključio i Ured visokog predstavnika (OHR), ocijenivši postupanje tadašnjih lokalnih vlasti kao flagrantno kršenje zakona, nakon čega je Nezavisna komisija OHR-a 2002. godine utvrdila nezakonitost gradnje, a gradska građevinska inspekcija zapečatila gradilište.
