P.E.N. Centar Bosne i Hercegovine formiran je 31. oktobra 1992. godine u Sarajevu. Uprkos tome što je taj dan zabilježen kao jedan od najtežih perioda granatiranja tokom opsade grada u okviru agresije na Republiku BiH (1992–1995), grupa od 36 književnika uspjela se okupiti u hotelu „Holiday Inn“ kako bi provela osnivačku skupštinu.
Na međunarodnom planu, zastupanje bosanskohercegovačkog centra privremeno je vodio P.E.N. Centar Republike Slovenije. Slovenske kolege su se u tom periodu angažovale i na prikupljanju neophodne pomoći za autore, umjetnike i intelektualce u opkoljenom Sarajevu, koja je dopremana pod izuzetno komplikovanim uslovima.
Zvanični prijem P.E.N. Centra BiH u globalnu asocijaciju pisaca verifikovan je na kongresu održanom u Španiji u jesen 1993. godine. Predstavnici centra uspjeli su otputovati na kongres u Pragu tek u jesen 1994. godine, kada su od slovenskog udruženja i formalno preuzeli svoje redovne dužnosti.
